Jeż pigmejski ma krępą budowę ciała, przez co bardzo przypomina wyglądem świnkę morską. Zazwyczaj dorosły osobnik osiąga wielkość od 15 do 25 centymetrów przy wadze około 350 do 700 gramów . O dziwo, samice jeża pigmejskiego są zazwyczaj większe niż samce. Oczy jeża są czarne, okrągłe, wyłupiaste