W czystej postaci kwarc jest bezbarwny lub ma biały kolor na skutek wewnętrznych pęknięć i defektów krystalicznych. Domieszki i mikroskopijne wtrącenia innych minerałów, głównie tlenków żelaza, nadają mu szeroką gamę kolorów. Ma wiele odmian, w tym prawie czarny morion, fioletowy ametyst, żółty cytryn itp. Przyczyny zabarwienia niektórych odmian kwarcu mają swoją specyficzną naturę.